薬学研究科は、薬学に関する学術の理論及び応用を教授・研究し、その深奥を究めて、広く医療の進展に寄与することを理念とする。

修士課程の健康薬科学専攻においては、創薬科学系・健康科学系研究者及び技術者を養成するほか、薬剤師の総合的薬学専門力を強化することにより、薬剤師職能の拡大・高度化を図ることを目的とする。この目的に基づき、創薬科学、健康科学、基礎薬学と医療薬学を包括した総合的研究・教育プログラムを展開することにより、医療に関する深い知識と問題解決能力を有する多様な分野の研究者、教育者及び専門職業人の養成を行う。

博士課程の薬学専攻においては、医療現場における様々な課題に迅速かつ適切に対応できる高度な専門知識と優れた研究能力を備えた薬剤師の養成を目的とする。この目的に基づき、医療の現場における臨床的な課題を対象とする研究領域を中心とした臨床薬学・医療薬学に関する教育プログラムを展開することにより、高度な専門性や優れた研究能力を有する高度化医療に対応できる薬剤師の養成を行う。併せて、生命科学、創薬科学に関する教育プログラムを展開することにより、医療に関する深い知識と問題解決能力を有する薬学研究者及び教育者の養成を行う。